Absetzen von Batchjobs

• Aufruf:
  bsub OPTIONEN COMMAND ARGUMENTE
  oder

       bsub OPTIONEN <RET>
          COMMAND1 ARGS1 <RET>
          COMMAND2 ARGS2 <RET>
               ... 
          COMMANDn ARGSn <RET>
       <CTRL-D>

• wichtige Optionen:

  -o OUTFILE	stdout des Jobs, auch stderr, falls keine -e-Option %J im Namen Job-Nummer
  -e ERRFILE	stderr des Jobs
  -R RESSOURCES	benötigte Ressourcen, u.a.: mem Speicher, in MB utmp Plattenplatz im Usertemp, in GB z.B.: "mem>200 && utmp>2.3"
  -W RUNLIMIT	max. wall clock Zeit
  -c CPULIMIT	max. CPU-Zeit für Job (in min oder hh:mm)
  -n min [,max]	Zahl der benötigten CPUs (mindestens, höchstens)
  -J JOBNAME	Name eines Jobs
  -w CONDITION	Bedingung für das Starten eines Jobs für Kettenjobs etwa: "done(job1)"
  -q QUEUENAME	Name der Queue, sonst: Default-Queue
  -I	interaktiver Job
  -Is	interaktiver Job mit Shell in Pseudoterminal

• Bemerkungen:
  Optionen können im Skript stehen
  Optionszeilen beginnen mit #BSUB
  1. Zeile im Skript gibt ggf. die Shell an (z.B. #!/bin/csh)
  Default: Bourne-Shell
  Arbeitsverzeichnis des Jobs:

  • das, von dem aus gestartet wurde
  • ggf. ein passendes cd ins Skript einfügen
  Output enthält u.a. Informationen über CPU-Zeit und Speicherbedarf
  immer zumindest Hauptspeicher- und Zeitbedarf angeben
• Beispiele:
  normaler Skalarjob:

  • bsub -o "juhu.%J" -c 90 -R "mem>250" myjob 1 250
  Kettenjob:

  • bsub -o o1 -J job1 myjob1
    bsub -o o2 -J job2 -w "done(job1)" myjob2
  • Job2 startet, sobald Job1 erfolgreich (ohne Fehlercode) beendet wurde
  • -w "ended(job1)": Job2 startet auch, wenn Job1 mit Fehler abbricht
  paralleler Job mit 4 - 8 CPUs:

  • bsub -o result -n 4,8 -W 240 -R "mem>500 && utmp>1.2" mpijob
  • alle CPUs auf einer Maschine mit spez. Ressource: -R "span[hosts=1]"
  interaktiver Job:

  • bsub -I xterm